Układ funkcjonalny, uwzględniający miejce powstania, grupuje koszty stosownie do stanowisk pracy lub komórek organizacyjnych bądź zgodnie z określonymi funkcjami spełnianymi przez podmiot gospodarczy, powodującymi powstanie tych kosztów. Głównym celem tego grupowania jest stworzenie warunków do wewnętrznej analizy kosztów oraz ustalenia osób odpowiedzialnych za ich wysokość. Układ taki nazywany jest funkcjonalnym, ponieważ miejscami powstania kosztów są określone funkcje dotyczące przedsiębiorstwa jako całości, które mają swe odbicie w podziale procesu gospodarczego przedsiębiorstwa na procesy zaopatrzenia, produkcji i zbytu.
W układzie funkcjonalnym w przedsiębiorstwie przemysłowym i usługowym można więc wyodrębnić:
—    koszty zakupu materiałów, związane z zaopatrzeniem przedsię-biorstwa w surowce i materiały;
—    koszty produkcji, obejmujące koszty wydziałów produkcji podstawowej, koszty wydziałów pomocniczych oraz koszty utrzymania zarządu przedsiębiorstwa;
—    koszty sprzedaży, obejmujące koszty związane ze sprzedażą wyrobów gotowych, czyli koszty reklamy, opakowania, transportu wyrobów gotowych itp.
W przedsiębiorstwie handlowym układ funkcjonalny obejmuje na przykład koszty zakupu towarów, magazynowania towarów, przerobu handlowego, reklamy, sprzedaży, zarządu przedsiębiorstwa.